Die kollegiale Leitung, bestehend aus zwei Professorinnen oder Professoren der Universität Passau, wird von der Universitätsleitung berufen. Die Amtszeit der Leitung beträgt vier Semester. Sie ist insbesondere verantwortlich für die strategische und konzeptionelle Entwicklung des PICAIS, die Leitung der Auswahlsitzungen für die Vergabe von Fellowships und Veranstaltungsförderungen sowie für den Einsatz des beim PICAIS tätigen Personal. Sie legt der Universitätsleitung regelmäßig einen Entwicklungsplan vor und berichtet über die Tätigkeiten und Ziele des PICAIS.
Die kollegiale Leitung wird durch die Geschäftsstelle Forschung und wissenschaftlicher Nachwuchs unterstützt. Die Geschäftsstelle vollzieht die Beschlüsse der Leitung und die das PICAIS betreffenden Beschlüsse des Forschungsbeirats und führt die laufenden Geschäfte des PICAIS.
Die Geschäftsstelle ist in Angelegenheiten des PICAIS über Dr. Stefanie Meister (stefanie.meister@uni-passau.de) oder per E-Mail an picais-office@uni-passau.de erreichbar.